Meski pada akhirnya tuduhan-tuduhan tersebut tidak pernah terbukti.
2. Membuat kebijakan yang kontroversial
Selama menjadi presiden RI, Gus Dur mengeluarkan kebijakan yang dianggap kontroversial, sebagai berikut.
- Penghapusan Tap MPR yang membahas tentang Partai Komunis Indonesia (PKI)
- Melepas jabatan Jusuf Kalla dan Laksamana Sukardi atas tuduhan kasus korupsi, padahal tidak ada bukti yang kuat
- Mengeluarkan Dekrit Presiden yang berisikan tentang pembubaran parlemen
3. Mengeluarkan Dekrit Presiden 23 Juli 2001