Konflik antara Gus Dur dengan Dewan Perwakilan Rakyat (DPR) dan MPR semakin tajam setelah keluarnya Dekrit Presiden 23 Juli 2001.
Isi Dekrit Presiden 23 Juli 2001 adalah pembekuan DPR dan MPR, pengembalian kedaulatan ke tangan rakyat, serta pembekuan Golkar.
Isi dekrit yang menyatakan pembekuan DPR dan MPR menjadi salah satu pernyataan yang paling menyita perhatian publik.
Dekrit Presiden 23 Juli 2001 dinyatakan tidak berfungsi setelah MPR menggelar sidang istimewa. MPR menyatakan bahwa Gus Dur sudah melanggar Tap MPR No. III/MPR/2000, karena memberhentikan Kapolri tanpa persetujuan DPR.
Banyaknya masalah yang terjadi pada masa kepemimpinannya, yang membuat Gus Dur diturunkan dari jabatannya.
(redaksi)