Menurut Amien, pertimbangan itu yakni lewat PAN komunikasi antaragama, antarsuku, antarras, dan antargolongan yang terkadang tidak jalan, dipercaya bisa diatasi secara dini. "Proses saling simpati dan saling empati kiranya dapat tercapai dalam sebuah partai terbuka seperti PAN," ujar Amien.

Akhir 1998 partai berlambang matahari ini resmi mengumumkan pencalonan ketuanya sebagai calon presiden sesuai rekomendasi Rapat Kerja Nasional(Rakernas) PAN pertama yang digelar di Bandung, 16-18 Desember 1998.

Pada wartawan, Amien menyatakan jika terpilih, dia akan mengembangkan demokrasi tanpa embel-embel. "Demorasi dikasih embel-embel maka akan rusak. Demokrasi terpimpin rusak, demokrasi Pancasila rusak. Demokrasi yang kita kembangkan adalah demokrasi yang bersifat universal."

Namun rupanya hasil Pemilu 1999 menempatkan PAN "hanya" mendapatkan 34 kursi di DPR. Meski demikian, Amien mampu bermanuver menggalang partai Islam membentuk sebuah koalisi dengan nama Poros Tengah. Aliansi ini menggagalkan upaya partai pemenang Pemilu, PDIP memajukan ketua umumnya Megawati Sukarnoputri sebagai presiden.

Amien justru mendekati Abdurrahman Wahid atau Gus Dur. Ketua Partai Kebangkitan Bangsa Muhaimin Iskandar menceritakan kisah Amien Rais mengajaknya ke kediaman Gus Dur di Ciganjur. Saat itu, pada Gus Dur, Amien mengatakan Indonesia butuh pemimpin yang bisa jadi penengah. Dan tokoh itu adalah Gus Dur.

Setelah Amien Rais selesai bicara, Gus Dur tiba-tiba duduk dari posisi tidurnya. Gus Dur menyatakan menerima permintaan Poros Tengah itu untuk menjadi calon presiden Indonesia. Cak Imin mengaku kaget mendengar pernyataan Gus Dur itu. Namun kata Cak Imin, Amien saat itu lebih kaget lagi.

Ternyata menurut pengakuan Cak Imin, jawaban yang dilontarkan Gus Dur itu tidak sesuai dengan skenario yang diinginkan Amien Rais. Amien menyangka Gus Dur akan menolak permintaan tersebut, lalu menyerahkan posisi calon presiden padanya.

Perjalanan politik Amien terus bergulir. Doktor ilmu politik lulusan Universitas Chicago, Amerika Serikat itu lewat koalisinya berhasil menduduki jabatan Ketua Majelis Permusyawaratan Rakyat (MPR). Sementara Gus Dur jadi presiden dengan Megawati sebagai wakilnya pada akhir Oktober 199.